按照獲取營養的方式不同，用于污染物生物除臭的微生物有自養菌和異養菌兩大類。自養菌更為適合用于無機物的轉化，我們在有機廢氣生物除臭的過程中使用的多為異養菌，異養菌是通過有機化合物的氧化來獲取營養物和能量，在適當的溫度、酸堿度和有氧的條件下，該類微生物能較快地完成污染物的降解。

　　在生物法廢氣治理領域當中異養菌廣泛的應用于降解有機物如乙醇、硫醇、酚、甲酚、吲哚、脂肪酸、乙醛及胺等。在廢氣生物處理的系統中微生物是工作的主體，只有了解和掌握微生物的基本生理特性，篩選、培育出優勢高效菌種才能獲得較好的凈化效果。

　　以一種物質作為目標污染物的微生物菌種一般是通過污泥馴化或純培養的方法來進行的。而對于含有復雜的、多種污染成分的目標污染物，則必須用混合培養的方法，馴化、培育出分工、協作的微生物菌群來完成污染物的降解任務。

　　用于大氣污染控制的一些微生物菌種如下：假單胞菌屬可處理乙烷等小分子烴類，諾卡氏菌屬可處理二甲苯、苯乙烯等小分子芳香族化合物，黃桿菌屬可處理氯甲烷、五氯苯酚等氯代化合物，放線菌可處理甲苯等芳香族化合物，真菌可處理聚乙烯等聚合高分子，氧化亞鐵硫桿菌可處理二氧化硫、硫化氫等無機硫化物，氧化硫硫桿菌可處理硫醇等有機硫化物。

　　特定的微生物群落有其特定的污染物處理對象。在某些情況下起凈化作用的多種微生物在相同條件下均可正常繁殖。因此在一個裝置內可同時處理含多種污染物的氣體。

　　在開展篩選、培育優勢高效微生物菌種方面，國內外開展了大量新的探索。根據遺傳學原理，通過改變外部環境條件（光照或化學藥劑），誘發基因突變以生產優良菌株；利用生物工程技術，通過對微生物基因（DNA）的剪切、重組得到超級微生物，發展固定化微生物(酶)技術，提高生物法凈化氣態污染物的效率。